嫁接后凡表现愈合不牢固，或愈合后生长很差，接穗叶片先期变色脱落、以及果实发育不正常，出现生理病害等情况的称为不亲和现象。解剖学观察可以显示不亲和的嫁接组合中木质部或韧皮部组织连接不良，生理上表现为水分输导受阻、淀粉分布失常而积聚在嫁接接合处上方等。有时不亲和现象不易很快察觉，会推迟到若干年后,甚至在正常结果多年后才表现,这种情况称为推迟的不亲和现象。不少果树嫁接后出现的反常现象则是由于病毒所致。各种植物对特定病毒的反应不同。一个带病接穗本身虽可忍受而完全不出现病征，却会损害对这一病毒较为敏感的砧木。如甜橙的衰退病病毒，只有嫁接在酸橙砧木时才表现出来。这种潜隐性病毒经嫁接传染给砧木后导致全株死亡的情况在苹果中也常见。

造成不亲和的生化原因仍不十分清楚。生产上常采用二重嫁接的方法来解决不亲和问题。如西洋梨与榅桲砧木嫁接时，先用与砧木亲和力较强的西洋梨品种嫁接，然后再在它上面嫁接原来准备繁殖的品种。利用对砧木和接穗双方都亲和的品种作为克服不亲和的媒介，这一部分称为中间砧。

砧木和接穗间的相互影响以砧木对接穗的影响研究较多。这种影响涉及许多方面。以对树体生长的影响而言，乔化砧可使树体高大；矮化砧则削弱树体生长而使树冠矮小(见矮化栽培)。砧木对结果的影响涉及结果迟早、产量高低、果实的大小、成熟期、品质和贮藏性等。此外，砧木对抗逆性也有重要影响。这些有益影响在生产上都可通过选择适当的砧木种类而加以利用。接穗对砧木的影响因后者大部（根系）在地下，不易观察、研究，应用较少。但中间砧对接穗的结果习性、果实的产量和品质以及对树体生长和抗逆性等的影响，则常被利用。

不同的砧木可产生不同的影响。其原因，除可能与亲和力有关外，一是由于各种砧木吸收、同化和利用营养物质的能力不同，嫁接成员的一方对另一方所产生的物质,总是按照其固有的遗传性来吸收或排斥;二是各种砧木的养分输导能力不同，其韧皮部的输导能力常是制约砧木影响的限制因子；三是激素和其他生理活性物质及特殊代谢产物的作用。矮化砧所引起的生长影响，与含某些激素较少有关。休眠中的砧木对生长中的植物、秋季开花的砧木对早春开花的植物、以及落叶砧木对常绿树植物等的影响，据认为都是某种特殊物质的转移所致。

▲应用：嫁接在果树生产上除用以保持品种优良特性外，也用于提早结果、克服有些种类不易繁殖的困难、抗病免疫、预防虫害；此外还可利用砧木的风土适应性扩大栽培区域、提高产量和品质；以及使果树矮化或乔化等（图3）。在观赏植物等的生产上，常用接根法（图3a）来恢复树势，保存古树名木；用桥接法（图3b）来挽救树干被害的大树(见树体保护)；用高接法来改换大树原有的劣种，弥补树冠残缺等。利用高接换种还可以解决自花授粉不结实或雌雄异株果树的授粉问题，以及特殊观赏树木品种如龙爪槐、垂枝桃、垂枝梅的繁殖造型等。

在遗传育种方面,嫁接可用来造成无性杂种,利用先期营养接近法，克服远缘杂交不育等。林木育种中多采嫁接技术矮化母株，以便利杂交操作和建立种子园、采穗园。利用特殊砧木促进植物开花，如甘薯接于蕹菜或月光花上以达到杂交目的，更是育种家常用的方法。

此外，嫁接还常被用作研究植物生理学、植物病理学、植物病毒学和植物组织发生学等的手段。许多学者为了阐明某些物质在个别器官中的局部合成过程和阶段发育等问题，常利用嫁接。

▲发展趋势：嫁接技术的应用范围还在不断扩大。除果树和观赏树木外，草本植物如蔬菜以及林木和其他经济植物如橡胶树、可可树等应用嫁接的日益增多。就嫁接材料看，从普通的枝接、芽接发展到嫩枝接、叶接、胚芽接、生长点嫁接、鳞茎和块茎的芽眼嫁接，乃至花序、柱头、子房和果实的嫁接等，几乎植物所有的部分都可用来进行嫁接。1980年以来，又在组织培养技术的基础上发展了微体繁殖和微体嫁接。在灭菌的组织培养中，用0.10～0.14毫米的离体茎尖微体嫁接可以培养柑橘、苹果等果树的无病毒苗，中国、美国、西班牙都已有应用。除了嫁接技术的不断改进、提高外，进一步探索嫁接亲和力的本质与砧木影响的机理将是今后研究的重点。